Penapisan Virtual Berbasis Struktur Senyawa Tanaman Obat di Indonesia Dengan Target Reseptor Histamin H2 Sebagai Anti Gastrointestinal

Latar Belakang: Penyakit lambung atau Gastroesophageal Reflux
Disease (GERD) menyebabkan kerusakan otot pada saluran cerna. Penyakit
tukak lambung dapat diobati dengan terapi farmakologi seperti antasida,
antikolinergik, antagonis H₂, dan lainnya. Reseptor histamin H₂ mempunyai
peran dalam mengurangi sekresi asam lambung, yaitu dengan menghambat
pengikatan histamin secara selektif dalam sirkulasi darah dan mengurangi
produksi asam lambung (Senyawa dkk., 2021).
Tujuan: Melakukan penapisan secara virtual senyawa-senyawa dalam tanaman
obat di Indonesia dengan target reseptor Histamin H2, melakukan simulasi
dinamika molekul pada kompleks hasil penapisan virtual dan menghitung energi
bebas ikatan paling stabil, dan melakukan validasi internal kompleks paling stabil
dengan simulasi penambatan ulang.
Metode: Penelitian ini menggunakan uji in silico dengan metode simulasi
penambatan molekul, simulasi dinamika molekul, dan penambatan ulang 1000x,
dengan perangkat lunak YASARA-Structure dan autodock vina.
Kesimpulan: Penapisan virtual berbasis struktur dari 40 tanaman hanya tanaman
jombang dengan LTS LTS0222826 dengan energi ikatan -8,3 kkal/mol dan berat
molekul 426 g/mol, yang berikatan dengan Asp98, dimana jarak antara ligan dan
reseptor yaitu kurang dari 3,5Å, memiliki nilai RSMD <2Å, berat molekul kurang
dari 500DA, dan berikatan dengan asam amino. Berdasarkan hasil simulasi
dinamika molekul pada snapshoot ke 73 diprediksi membentuk ikatan dengan
Asp98 dan jarak ikatan senyawa 73 kkal/mol adalah 1,7Å, pada snapshoot ke 73
maka dilakukan penambatan ulang sebanyak 1000x, didapatkan struktur dari
snapshoot ke 73 dengan nama senyawa amyrin yang tergolong sentawa
triterpenoid, Senyawa terpenoid dapat berfungsi sebagai obat lambung.
Kata kunci: tukak lambung, PVBS, simulasi dinamika molekul, penambatan
ulang, histamin H2, jombang, amyrin.